Stefan Zapotocky urodził się w 1952 r. w Wiedniu. Ukończył Technical University of Vienna z tytułem doktora. Karierę zawodową rozpoczął w 1980 r. w Erste Oest Spar-Casse Bank. Do 1988 r. był szefem tej instytucji finansowej. Kolejne trzy lata spędził w Oesterreichische Laenderbank jako dyrektor generalny. W latach 1991-2000 pełnił kierowniczą funkcję w Banku Austria, gdzie był odpowiedzialny za działalność funduszy inwestycyjnych tej największej austriackiej instytucji finansowej. Od kwietnia 2000 r. jest prezesem Wiener Boerse. Stefan Zapotocky brał także czynny udział w zakładaniu wiedeńskiego rynku derywatów ÖTOB, który potem wszedł w skład Wiener Boerse. Jest jednym z największych autorytetów z dziedziny rynków kapitałowych w Austrii.
W 1991 r. został odznaczony medalem Golden Decoration of Honor za zasługi na rzecz Republiki Austrii. Prywatnie jest miłośnikiem muzyki i jazdy na nartach.